一、准备工作
确保你要申请证书的域名都解析到了这台服务器上，且能直接通过域名访问。
使用官网推荐的CertBot获取证书。
在CertBot官网选择一下环境(比如我选Nginx on Ubuntu 17.04)就可以看到入门教程了。
安装CertBot
[root@zhl123.cn ~]# apt-get update
[root@zhl123.cn ~]# apt-get install software-properties-common
[root@zhl123.cn ~]# add-apt-repository ppa:certbot/certbot
[root@zhl123.cn ~]# apt-get update
[root@zhl123.cn ~]# apt-get install python-certbot-nginx
二、获取证书
我是把几个域名都放到一张证书里的，这样可以支持一些比较旧的，不支持SNI的浏览器
[root@zhl123.cn ~]# certbot certonly --must-staple --rsa-key-size 4096 -d 域名1 -d 域名2...
这步的-rsa-key-size 4096是为了ssllabs满分，如果你不想弄这个可以不加，能略微提升网站访问速度。
每个-d后面跟一个域名，有多少个域名跟多少个
运行后它会让你选验证模式，我这里已经开启了nginx，因此选2，自己设置webroot
选1然后输入你的网站静态文件所在的目录，如我的Nginx默认是/var/www/html
之后每一个域名都需要设置，如果你所有域名都在一个目录，直接选2使用第一次输入的路径即可
输入完最后一个域名后，它会提示你申请结果，如果失败请检查失败原因后重试，如果成功继续下一步
我一开始因为用了国内的NS服务商，然后Let’s Encrypt访问不到就失败了，这货不会信任任何DNS服务器给出的服务器地址，必须要直接访问权威NS服务器查询的结果才可以，因此如果你因为这个失败了，建议更换一些国外的免费NS服务商。
如果成功会告诉你申请成功，并给出你的证书路径，比如我的：/etc/letsencrypt/live/zhl123.cn/fullchain.pem
记下这个路径(不包括fullchain.pem的部分，稍后用得着)
三、配置 DNS CAA
DNS CAA 可限制你的域名只有特定的证书签发机构可以签发证书，且无权签发的签发机构收到签发证书申请时会给你发邮件提醒
这步不影响ssllabs评分，可不做
你需要找一家支持CAA记录的NS服务商，国内似乎没有。。。
我找了半天找到一家国外的：https://www.1984hosting.com/
通过修改域名的NS记录接入到你选择的NS服务商
添加CAA记录，比如我的：
issue "letsencrypt.org"
iodef "root@zhl123.cn"
issue是允许哪家证书签发机构签发证书，iodef是你的邮箱地址
完成后可以通过dig caa 你的域名来验证是否添加成功
四、配置 nginx
编辑你每一个申请证书的域名的server配置，设置http直接跳到https
server {
listen 80;
server_name 域名;
return 301 https://$host$request_uri;
}
配置每一个域名的 https
server {
# 如果 http2 报错说明你的 nginx 版本比较低不支持，删掉即可
listen 443 ssl http2;
server_name 域名;
ssl_certificate 证书路径/fullchain.pem;
ssl_certificate_key 证书路径/privkey.pem;
ssl_trusted_certificate 证书路径/chain.pem;
# 强制域名使用 HTTPS 打开，且在证书不被信任时不允许用户跳过，这里设置的时间是 182.5 天
# includeSubDomains 表示包含子域名
# preload 表示允许被加入浏览器内置的强制 HTTPS 列表中
add_header Strict-Transport-Security "max-age=15768000; includeSubDomains; preload";
# 在检测到 XSS 时阻止网页加载
add_header X-XSS-Protection "1; mode=block";
# 禁止网页被嵌入 frame(算是避免运营商劫持的办法之一)
add_header X-Frame-Options DENY;
# 后面可以写你的网站之前的代码，如 root /var/www/html;
}
配置 nginx.conf，删掉自带的 SSL 配置，用下面的覆盖
# 只支持 TLS1.2，如果`openssl`在`1.1.1`以上，且`nginx`在`1.13`以上，可再加入`TLSv1.3`
ssl_protocols TLSv1.2;
ssl_prefer_server_ciphers on;
ssl_session_timeout 1d;
ssl_session_cache shared:SSL:10m;
ssl_buffer_size 4k;
ssl_ciphers 'ECDHE-ECDSA-AES256-GCM-SHA384:ECDHE-RSA-AES256-GCM-SHA384:ECDHE-ECDSA-CHACHA20-POLY1305:ECDHE-RSA-CHACHA20-POLY1305:ECDHE-ECDSA-AES256-SHA384:ECDHE-RSA-AES256-SHA384:ECDHE-ECDSA-AES256-SHA:ECDHE-RSA-AES256-SHA:DHE-RSA-AES256-GCM-SHA384:DHE-RSA-AES256-SHA256:DHE-RSA-AES256-SHA';
ssl_ecdh_curve sect571r1:secp521r1:brainpoolP512r1:secp384r1:brainpoolP384r1:sect571k1;
ssl_stapling on;
ssl_stapling_verify on;
开启session_ticket
在 nginx 配置目录下执行
[root@zhl123.cn ~]# mkdir ssl
[root@zhl123.cn ~]# openssl rand 80 > ssl/ticket.key
编辑nginx.conf，在SSL配置后面加入下面两行
ssl_session_ticket_key ssl/ticket.key;
ssl_session_tickets on;
使用4096位加密
在 nginx 配置目录下执行
openssl dhparam -out ssl/dhparam.pem 4096
编辑nginx.conf，在SSL配置后面加入下面两行
ssl_dhparam ssl/dhparam.pem;
五、一些额外的配置
开启 HPKP
HPKP可以检查你的证书是不是指定的证书签发机构签的，如果不是会阻止访问，也可配置出现问题时向指定地址报告等
在你的浏览器访问https://www.ssllabs.com/ssltest/analyze.html?d=你的域名
等测试结束后，在页面搜索Certification Paths
点击下面的展开
把第一行不是你的域名的Pin SHA256的值记录下来
换一个免费证书，再来一次，比如腾讯云可以申请赛门特克的免费证书
把你刚刚记下来的几个值(至少4个，无顺序要求)，按下面的格式写入你每一个域名的server配置中
# 如果有更多按照格式加就行
add_header Public-Key-Pins 'pin-sha256="第一个值"; pin-sha256="第二个值"; pin-sha256="第三个值"; pin-sha256="第四个值"; max-age=15768000; includeSubDomains';
申请浏览器内置HSTS
HSTS可以要求用户访问你的网站必须用HTTPS协议，然而需要至少访问一次才会生效，这一次仍然有可能被劫持，而且有可能被一些更无良的运营商给HTTPS强转HTTP，用户永远不会把你加进HSTS名单
为了解决这个尴尬的问题，浏览器商们推出了一个申请地址，符合要求的域名可以申请把自己加入浏览器的源代码中，这样用户首次访问的时候也会强制用HTTPS访问
请一定注意，一旦申请成功，就没有回头路了，如果哪天你不想用HTTPS了，那就只能换个域名了。
确保你申请证书的时候包含你的主域名，如我的是zhl123.cn，不能带任何子域名，如www.zhl123.cn无效
确保你照做了上面的4.2
访问申请页面，输入你的主域名，提交即可，稍后的提示确认，打勾后再提交即可
耐心等待审核，一般一个月内可审核完成，审核完成之前请不要修改网站配置。
六、自动重新签发证书
Let’s Encrypt申请的证书只有3个月有效期，每隔3个月都手动来重新签发一次。
通过crontab在每月1号自动重新签发证书
执行crontab -e,添加下面一行保存即可
0 0 1 * * certbot renew --force-renew && /etc/init.d/nginx reload